燕王包围了皇宫以后，却不敢擅自闯宫，他令部下严守皇城，不准任何人出入，打算在天明后才入乾清宫。趁着夜色，建文帝和徐妙云化装成一僧一尼，从地道里爬出了皇宫。
奉天殿内，马皇后悲壮地穿着龙袍皇冠，代替建文帝在朱元璋的神像前自焚了。奉天殿一着火，朱棣立即以救火为名闯入宫内，他首先来到毓秀宫，又来到坤宁宫，但都没有找到徐妙云，他万分失望。
金殿外，文武百官对燕王朱棣的到来十分冷淡，抵触情绪严重，御史连根欲刺杀燕王，未成而被燕王所杀。众大臣皆一口咬定皇上已自焚殉国，燕王将信将疑，而道衍在奉先殿发现一缕青丝，再经过对太监王钦的询问，怀疑建文帝和徐妙云尚在人世。
燕王通过一只一直为他和徐妙云之间互递信息的信鸽，找到了建文帝和徐妙云出宫的地道，地道外面碰上正在追随皇上而去的内务总管王钦，王钦不肯说出皇上的去向，彼燕王杀死。建文帝不知所终，燕王将计就计，布告天下，帝后以身殉国，普天同哀，着以天子礼厚葬。承天门外，身披重孝的方孝儒率领文武百官前来送丧，当送殡队伍到来时，方孝儒张臂挡住灵枢，大喊：建文受冤而死，冤魂不入孝陵啊。
在方孝儒的带领下，邹瑾、魏冕等群情激愤，痛斥燕王谋逆之罪，终于激怒朱棣，下令拘捕方孝儒，强行出殡。道衍再次劝告朱棣善待方孝儒，朱棣亲到狱中看望方孝儒，方毫不领情。建文帝和徐妙云在逃生途中，亲眼目睹黄子澄、齐泰被燕王部下追捕，提心吊胆，历尽艰辛，终于来到紫云观安身。
朝中无主，有人提出册立谷王为新君。朱棣得知，剖齐泰、黄子澄之心派人送给谷王，谷王大惊，便出面呈请燕王继位。燕王要登基了，他到狱中请方孝儒写一篇登基之诏，方孝孺当着燕王之面写下“燕贼篡位”四个字，掷笔等死。朱橡终于大怒，他忘了道衍对他的告诫，下令灭方孝孺十族，一个不留，全部杀尽。燕王朱棣终于登基了，改帝号为永乐。
徐王妃和朱高炽、朱高隧从北平赶来会合，祭拜孝陵后，朱高煦把朱高炽、朱高隧带到毓秀宫住下，让红杏服侍着。他自己却住到了东宫，做起了当太子的美梦。刚刚成为皇后的徐王妃因一路劳顿，卧病在床。永乐来看她，她向永乐谈了立太子的看法，她认为次子高煦从小骄纵，不知礼法，不能委以重任，而永乐却不以为然。
