次日，徐妙云以朝廷使臣、皇上钦差的身份与燕王来像进行了针锋相对的谈判，当看到燕王气势汹汹、丝毫没有撤兵的意思，她的心死了，她不顾燕王的挽留，执意回京复命。燕王追至江边，不顾一切地抱住徐妙云，要拖她回去，徐妙云忽然拔出短剑，向朱橡刺去。徐妙云回到毓秀宫，身心俱疲，卧病在床，昏睡不醒。
建文帝又痛又怜，守在她的身边寸步不离。燕王的兵马已经渡过长江，群臣凉慌，建文帝依方孝儒所奏，决定破釜沉舟，与京城军民一同御敌。燕军兵临城下，开始向城墙发炮。京城危急，群臣无计，惶惶之中。方孝儒献上一计，他叫人画了许多朱元璋的巨幅画像，把这些画像挂到城墙之上，朱棣若再开炮，就是炮轰先皇帝，就是不忠不孝的乱臣贼子。
方孝儒此计实在高明，朱棣不敢炮轰城墙，而城墙上的炮却可直轰燕军。不料朱棣情急之下也生一计，他带着全体将士问朱元镜的神像跪拜大礼。致使城头上的官军同样不敢向他们开炮。
僵持之下，朱棣请徐增寿出面说服李景隆，让李景隆开城迎降。李景隆正在犹豫，突然接到皇上圣旨，削去李景隆兵权，由定国公徐辉祖取而代之。徐增寿、李景隆见事己败露，慌忙中令守军开了城门，燕军得以进城。金殿外，徐增寿被方孝孺等大臣怒骂痛斥，徐增寿愧对建文帝，自刎而死。
徐妙云抱着二哥徐增寿的尸体，悲痛欲绝：我们徐家兄妹四人，为了这场战争各为其主，反目成仇，这都是为什么呀。燕王来像的兵马已经攻入京城，朝廷的20万兵马已半数投诚，徐辉祖率领余兵在内城死守。朝廷危在旦夕，建文帝却节外生枝，突然要方孝儒拟旨，他要废掉马皇后，立徐妙云为皇后。方孝儒坚不从命，建文帝只好自写诏书，废立了皇后。
形势紧张，内城难守，血染战袍的徐辉祖来见皇上，建文帝要求徐辉祖率御林军务必再坚守一夜。建文帝要在这最后一夜迎娶新皇后徐妙云。宫外炮声隆隆、火光冲天，坤宁宫里却红烛高照，建文帝和徐妙云度过了一个不眠之夜。第二天早朝，金殿上只有方孝儒一人陪着建文帝，君臣两人抱头痛哭。燕军已经包围是城，建文帝进入奉先殿。欲在拜别先皇朱元璋后焚宫殉死。被废的马皇后和新皇后徐妙云也都准备与皇上一起赴死。
内务总管王锨忽然记起太祖高皇帝在世之日曾把一个铁盒子挂在奉先殿梁上，说是日后子孙有难，可开启铁盒问计。建文帝打开铁盒一看，内有两袭僧袍、十锭纹银和一张可以秘密出宫的路线图，还有一张朱无障亲笔书写的遗嘱，上写：游僧两名，应文应云，白银十锭，速出鬼门。原来朱元津老早就为建文帝和徐妙云留了一条生路。
