朝廷同时任命沈葆桢任钦差大臣，赴台湾处理军务。
刘永福派曾阿富将牺牲的黑旗军弟兄们的骨灰带回广西老家,并护送刘永福妻小回去见母亲，让义子认祖归宗。
广西巡抚潘鼎新奉命逮捕刘永福妻小，而广西提督冯子材深敬刘永福其人，设计解救，后因此事，被革职，归家养老。越南国王望刘永福驻留，条件是入越南籍，刘永福不愿。他想起冯提督曾写书信，希望他回国报效，决定去镇南关找冯子材联合抗法。潘鼎新在镇南关设下圈套准备剿灭黑旗军，刘永福因不愿双方相残而撤退。此时，越南国王也同意让他保留国籍，以客军身份驻扎。
沈葆桢精心计划,欲痛击已登陆的日军，却突然收到朝廷密令“衅不我开”，只好按兵不动。沈请旨应战，西太后借机教导同治帝,此事也改由恭亲王出面与日方交涉。台湾战事影响其它列强的贸易往来，他们向朝廷抗议，清廷措手不及。
1874年10月31日,举棋不定的清廷拒绝了沈葆桢的请战，同日本签订《中日北京专条》。不久，同治帝辞世，光绪帝登基。光绪五年，日本以北京专条为由,正式吞并琉球国，改为冲绳县。
