翁同和因二刘互参一事对刘铭传刮目相看，因其主持户部，便在他力所能及范围内，尽可能地从财政上支持新建的台湾省。 刘铭传新官上任的三把火：恢复基隆煤矿，清丈土地，用沉在海底的废铁轨铺建台湾的第一条铁路。
醇亲王正在想方设法为西太后修园林筹银子，四处碰壁，无奈之下，寄希望于李鸿章能从海防协饷中拨一部分以解燃眉之急。 朝廷忌讳刘永福，只给其一个虚职，迟迟不予重用。英雄无用武之地，他只好每日操练子弟兵，教授儿女武艺。
张之洞推荐他任南澳总兵一职，却怕屈就刘永福。刘了解到南澳岛既是地势险要，距台湾高雄仅数百里，朝发夕至，又是大陆的天然屏障，乃兵家必争之地。刘永福决定留守南澳，他将所率的三百将士分为左右两营，与驻岛营兵共保“闽粤界”。
中法战争之时，有的南澳官兵支援台湾至今未归，士兵朱大有遗孀恳求刘永福帮忙寻找，刘永福托唐景崧查明。
台湾巡抚刘铭传介绍抗法的台湾士绅林朝栋给唐景崧认识，并请唐景崧代劳，为其叔叔林文清平反冤案。 邓世昌带领的舰队回国，途径大西洋魔鬼海时，遇到日本松岛舰触礁，邓世昌下令将其救下，伊东佑亨深表感激。
醇亲王代朝廷挑选北洋水师提督人选，邓世昌与刘步蟾各有所长，互相举荐。李鸿章则举荐丁汝昌为北洋水师提督，虽被批准，但众人怀疑李鸿章是妄图把北洋水师建成“李家军”。
不久，醇亲王代天巡视北洋水师，西太后派李莲英跟随以查北洋水师财政状况。众清流极力反对太监监军，却毫无效果。醇亲王看到北洋水师的实力，心悦诚服。
李莲英回京，向西太后禀报北洋水师乃是无底洞，挥霍无数。同时，提醒醇亲王向李鸿章要银子给西太后修园林。李鸿章却声称无银两帮忙修园林，西太后听闻大怒。李鸿章此刻才明白李莲英来巡视的真正用心，训斥李经方中了李莲英的计。
光绪帝下旨升任邓世昌为总兵，率领致远等五舰;刘步蟾为总兵衔副将，管带旗舰定远号。 醇亲王奉西太后之令，看望光绪帝，父子之情难以抑制。1889年，即光绪十五年农历二月初三，慈禧太后终于归政，光绪帝结束了他的“实习期”，终于亲政。
同时，光绪帝也收到台湾送来的一份“厚礼 ”——基隆煤矿恢复开工。 三名清军水兵在日本长崎被杀，以伊藤博文为总理大臣的日本内阁召开紧急会议，针对长崎事件，准备利用民众的狂热情绪，发动对清国的侵略战争，但此时的日本海军还不能够战胜北洋水师。
长崎事件令大清朝野震惊，众人一致主战。而李鸿章不愿与日本发生冲突，认为该事件无伤两国邦交，重重阻挠。
