李鸿章对“水兵被杀”一事力主不与日本发生冲突，皇上龙颜大怒。而此时醇亲王则拉着西太后看清漪园的最新样式图。西太后高兴之余，为给自己筹钱修园林，决定巧立名目成立“海防捐”，同时建议皇上“息事宁人”。
长崎事件之后，日本内阁紧急召开会议，因海军仍落后于北洋水师，为取得绝对制海权，在天皇授意下，日本内阁提出五千八百万元的五年造舰计划。闻悉李鸿章拒绝了赫德欲卖的一艘最新巨舰，日本立刻购得此军舰，并命名吉野。
张佩纶三年谪满，李鸿章召其回津，留于北洋幕中，暂替李经方。李经方则出使日本，借以刺探日本实力。张佩纶在回京途中，李鸿章之女李菊藕亲自为其接风，张佩纶十分感动。为了把“海防捐”与修园林这两样结合得天衣无缝，醇亲王等人在昆明湖内欲建海军贵胄学堂。
光绪帝为解醇亲王被西太后催逼修园林之难，让翁同和动用“海防捐”，开始修建清漪园。 台湾成功开通电报，刘铭传发电报要求朝廷同意基隆煤矿官商合办，以商为主。光绪与西太后意见不一，众大臣左右为难。
西太后恩准光绪出宫探望重病的醇亲王，病榻之上醇亲王叮嘱光绪，有同治帝前车之鉴，切不可违逆西太后。光绪帝在基隆煤矿一事上遵照西太后意思处理，仅把对刘铭传的革职查办改为革职留任。 刘铭传深受打击，导致失明，一怒之下上奏准请开缺，李鸿章以“海防”名义调其到海军衙门担任会办。
张佩纶回津之后续娶李菊藕，李鸿章也借此将他留在北洋幕中。 光绪皇帝巡视八旗水师学堂，发现都是一群纨绔子弟，大为恼火。而筹措不到各省的银子来修园林，光绪也很是着急，翁同和提醒，现在的朝廷倒像是各路诸侯分割天下一般，不如找人开刀，杀一儆百，既可以立威又可以筹到银子。
罢官之前，在刘铭传和林维源等地方士绅的努力下，多年和清廷对抗的原住民四百多社，七万多人，握住了台湾第一巡抚刘铭传伸出来的挚诚之手，出现了民族团结的空前局面。刘朝宗与阿美族的阿妹相爱，欲与阿妹共同留在台湾。
刘铭传即将离台，台湾岛上至官绅下至普通百姓都依依不舍，集体相送。为示无私，刘铭传狠心拆散了刘朝宗与阿妹，将其带回老家。 南澳岛上刘永福未雨绸缪，积极备战，而王都司玩忽职守，被刘永福捉了个正着，遭到了严厉训斥。
在极其艰苦的环境下，刘铭传率领岛上官兵不仅重修了炮台，研制了火药，自制了地雷，而且制定了详细的《守岛方略》，这些，都为他日后参与台湾保卫战打下了坚实的基础。
日本政府邀请北洋水师访问日本，武器是士兵的生命，一名清军士兵把裤子晾在大炮上时，正巧让伊东佑亨看见，从而坚定了其战胜清国的决心。日本上下一心，其对外扩张的野心让邓世昌等人不寒而栗。
光绪帝下令强制让新任台湾巡抚邵友濂把海防协饷上交国库，邵友濂将本来用于购置海防大炮的银子全数上缴。此时，为了防备日渐强大的日本，大清急需购置快速艇，巩固海防。但银子却被西太后拿去修了刚刚从清漪园更名的颐和园。
