李莲英回京，向西太后禀报北洋水师乃是无底洞，挥霍无数。同时，提醒醇亲王向李鸿章要银子给西太后修园林。李鸿章却声称无银两帮忙修园林，西太后听闻大怒。李鸿章此刻才明白李莲英来巡视的真正用心，训斥李经方中了李莲英的计。光绪帝下旨升任邓世昌为总兵，率领致远等五舰；刘步蟾为总兵衔副将，管带旗舰定远号。
醇亲王奉西太后之令，看望光绪帝，父子之情难以抑制。1889年，即光绪十五年农历二月初三，慈禧太后终于归政，光绪帝结束了他的“实习期”，终于亲政。同时，光绪帝也收到台湾送来的一份“厚礼 ”——基隆煤矿恢复开工。
三名清军水兵在日本长崎被杀，以伊藤博文为总理大臣的日本内阁召开紧急会议，针对长崎事件，准备利用民众的狂热情绪，发动对清国的侵略战争，但此时的日本海军还不能够战胜北洋水师。长崎事件令大清朝野震惊，众人一致主战。而李鸿章不愿与日本发生冲突，认为该事件无伤两国邦交，重重阻挠。
