日本内阁紧急会议，准备接收台湾，并制定作战计划，日本军部按照天皇意旨，宣布海军军令,桦山资纪升任海军大将。同时任命他为首任台湾总督，并兼任台湾方面军务司令官。
日本公使照会，按照马关条约，限期派员交割台湾，众臣商议后，推举李鸿章之子李经方前去办理交接事宜，李经方此时才大悟为何李鸿章要他辞官。 李经方从上海起锚前去签约。丘逢甲向民众呼吁既然朝廷无力保台，那就由百姓自主保台。
丘逢甲对唐景崧的部署存在异议，提议让刘永福镇守台北、基隆要地，但唐景崧确不以为然。桦山资纪接替伊东佑亨，并与能久亲王商议进攻计划。 日军在澳底登陆，而唐景崧误判形势，认为是日军小股兵力试探，没有增援澳底守军。
李经方乘船至台湾海面，连日徘徊，逗留不进，选择日方提出的第二种方案：在船上指认台湾，包括澎湖列岛和附属岛屿，就算完成交割。随即在“台湾交接文据”上代表清廷签字，从此将台湾割让给日本!
基隆失守，台北危亦，刘永福急派刘成良赶赴台北接唐景崧。光绪获悉李经方已经向日本方面交割台湾完毕，怕与日军再动干戈，立刻下旨削除唐景崧台湾巡抚一职，命其即刻回京。 唐景崧部署失误，没有堵住狮球岭天险，日军比原计划提前进攻台北。
刘成良请唐景崧去台南，他却说要与台北共存亡。但最终唐景崧辜负了抗日军民的重托，着便衣乘最后一班船逃回大陆。 桦山资纪在台北举行入城阅兵典礼，宣布对台湾行使统治权!丘逢甲、林朝楝、杨泗洪、徐骧等人投奔刘永福，刘永福表示不计生死，共御倭夷!
日军先遣队和运输队先后遭到袭击，能久亲王下令对台湾军民进行灭绝人性的残酷扫荡。 刘永福经过周密考虑，做出了一个大胆的决定：由书生吴彭年带领包括黑旗军和各路义军共十二营，秘密进入八卦山一带，伏击敌人。
众将领血战八卦山，致使敌军师团长重伤、旅团长不治。而吴彭年、吴汤兴也战死杀场! 西太后获悉台湾战况，想通过英法等各国主持公道，并让李鸿章回京。
刘永福决定和日军决战曾文溪。 张之洞会见冯相锟，让他通知刘永福坚持三个月，事情到时会有转机。唐景崧本打算找机会返京，张之洞奉旨就地免其官职，令其返乡。 台湾军民与日军展开了异乎寻常的激烈抵抗，自诩勇猛无敌的日本陆军难以寸进。
伊东佑亨奉命率刚刚回国的“第一军”再次支援台湾。李鸿章同时会见了英法等国的公使，并向俄法两国银行分别借款四万万法郎，用于向日本支付第一笔赔款。而西太后希望各国出面斡旋，从日本手中赎回台湾一事，他只字未提。
小村公使会见孙毓汶，威胁说如果清国的军队和武装人员继续以各种方式开往台湾与皇军对抗，那辽东的日本第二军将向北京进军。西太后得知消息后，命军机处告诉皇上“沿海内地各省，一枪一弹、一兵一卒，都不许往台湾送”!
日军发现黑旗军、民团、山匪正迅速向曾文溪一线集结，桦山资纪表示不管投入多少兵力，都要把曾文溪变成刘永福和黑旗军的坟墓!我抗日军民和日军在曾文溪进行了激烈的战斗……
