钦差奉命传旨将丁汝昌革职拿问，逮捕进京，刘步蟾当众抗旨，怒诉败仗原因。李鸿章为丁汝昌之事向光绪求情。 伊藤博文确立了征服北京的新战略目标。此时桦山资纪向伊藤博文提出：趁清国兵力集中东北，日军进攻台湾。
但伊藤博文觉得时机尚未成熟。 唐景崧向邵友濂提出倭人必犯台湾，让他请旨增援。丁汝昌拜见李鸿章，得到“保船慎开”的指示。 台湾，丘逢甲与唐景崧分析台湾防务并拟组织保台义军。西太后对光绪皇帝十分不满，力请恭亲王重新出山主政。
李鸿章让恭亲王尽快请英国联合美国、俄国出面调停。丘逢甲的台湾“义军”建议不被抚台采纳，与唐景崧商议改“义军”为“团练”。 刘步蟾趁大雾掩护，平安将北洋水师余舰转移至刘公岛。
李经方本奉李鸿章之命邀刘铭传出战，却因其存有私心，仅仅向刘铭传请教鸭绿江战事，邀其出战则只字未提。与此同时，李鸿章接到电报，称日军渡过鸭绿江，直扑九连城。 南澳，刘永福招兵买马积极备战，民众热情响应。
几经掂量，光绪皇帝放弃启用刘铭传，改派刘坤一节制东北作战的各路清军人马。就在日本猛攻鸭绿江防线的同时，日本第二军绕到清军背后，从辽东花园口登陆，他们发现这一带海岸，居然没有设防。
光绪皇帝吃惊日军进攻速度如此之快，孙毓汶向光绪介绍战况。 邵友濂接到北京的电报，调他改署湖南巡抚，台湾巡抚暂由现任布政使唐景崧署理。唐景崧派丘逢甲统管台湾义勇操练所有事宜。丁汝昌前去天津拜见李鸿章，并请战救援旅顺口，但被李鸿章断然拒绝。
刘永福不让朱小有去台湾，命他在南澳看管“宋井”，为父亲守墓，可朱小有却和刘秀蓉一起混上船,去了台湾。就在慈禧太后六十万寿的时候，日本第一军又攻陷了大连，进而包围了旅顺口。
仅仅十五天后，日本侵略军攻占了旅顺，为逼迫清政府投降实行残酷的大屠杀，全旅顺城的军民几乎无一幸免。 光绪皇帝大发雷霆，要求众大臣立刻议定如何解决战端。
光绪皇帝在西太后的压力之下最终同意跟日本议和，李鸿章会见德璀琳，命其赴日议和。 而日本方面顶住国际舆论关于旅顺大屠杀的强烈反响，等清国求和使臣的到来。但是伊藤博文确认为现在谈判为时过早，只有彻底消灭北洋海军，才能使外务省的条件变成事实。
日本驱逐了清国全权议和代表德璀琳，光绪帝和众臣商议后，决定改派张荫桓、邵友濂代替德璀琳为清廷全权议和代表。日本军舰封锁刘公岛、威海卫，丁汝昌急电李鸿章请求出海应敌，但被驳回。 联合舰队配合陆军攻占威海卫刘公岛东西炮台，北洋海军的覆灭已成定局。
特使张荫桓、邵友濂非常迫切要求马上和日方开议，立即停战，但日方只同意跟恭亲王或者李鸿章谈判。 日军全歼北洋水师，大获全胜，并驱逐来日议和的张荫桓和邵友濂。
日本已不满足眼前战果，大军直逼澎湖列岛，兵临台湾。李鸿章受命前去日本议和，却因谈判尺度问题与光绪皇帝无法达成一致，迟迟不肯起程。
