基隆封锁解除,台湾军民一心,出资出力重铸炮台,刘铭传却思绪万千。此时,朝廷传旨命他启程回京,丘逢甲赠台湾茶叶,为其送行,希望他能回味台湾,早日重返。朝廷命刘铭传写明弃守基隆、保卫台湾的经过,刘铭传深思熟虑后,写下一本“密陈福建巡抚移驻台湾”的奏折。刘铭传进宫拜见西太后,上奏密折,开诚布公,西太后赐还头品顶戴,加恩赏戴双眼花翎,以巡抚衔在京候补。
北京,西太后决定对台湾、越南之战的将士论功行赏。台湾有功将士,孙开华将刘铭传列为首位,左宗棠不解,细问才得知所谓的刘铭传“怯敌,弃守基隆”实属误会,立刻发加急电报向刘铭传认错道歉。
唐景崧升任四品京卿,送刘永福回乡祭母。随后奉旨回京,途中巧逢刘铭传,二人惺惺相惜,彻夜长谈。随后,拜见恩师,军机大臣翁同和从其口中得知镇南关的真实情况,气愤难忍。