不料芄兰公主是被喜鹊劫走了，虽然芄兰被蒙上了眼睛但是她还是凭借喜鹊身上的味道猜出了她的身份，并恍然大悟一直跟踪他们的人也是她。喜鹊要等荆轲来才会放了芄兰。
银面人再次出现，他要喜鹊继续查清荆轲他们要杀的人是谁。翌日午时正当喜鹊要动手杀芄兰的时候，荆轲还是出现了。当荆轲知道原来喜鹊竟然是个刺客，心中不免一怔。喜鹊通过荆轲与芄兰的对话猜出他们要刺杀的人是秦王。混战中芄兰挨了一剑，喜鹊逃走荆轲紧紧追了出去。
喜鹊将荆轲引到了银面人的地方，银面人告诉喜鹊不管谁逃出去，都要将消息传出去，二人向相反的方向逃走，荆轲朝银面人追去。荆轲将银面人杀死自己也中了一剑。他返回百里香客栈找到喜鹊，喜鹊将“燕欲刺秦王”几个字眼写好绑在一只鸽子上，当荆轲赶到时喜鹊放飞了所有的鸽子，荆轲感慨喜鹊的智慧，喜鹊笑言也许女人更适合做刺客。
这时翼带着众燕士杀死空中所有的鸽子，翼得知喜鹊一直在利用他的时候，他要杀了喜鹊。可是当他靠近喜鹊时，他却拿着喜鹊的剑刺向自己，翼觉得身为燕国人却做了叛徒，愧对于燕国，最终心满意足地死在最爱的女人怀中。
荆轲一剑刺向了喜鹊，正在这时高渐离带着蒜头赶了过来，喜鹊倒在高渐离的怀中向高渐离说，如果有来生一定会好好地爱他。高渐离看到喜鹊死去非常伤心。
芄兰、荆轲先后返回宫中。荆轲得知樊于期将军用计暂时困住秦军，告知丹他现在还在等一个人——盖聂。王翦和蒙恬开始试探性地进攻。燕子丹将秦宫地形图拿给荆轲看，并告诉他秦宫各个要处。荆轲看着秦宫防御图，眼睛凝成了一条线，心中若有所思……
太子丹让樊于期再坚持几天，又去找到荆轲，表示刺秦刻不容缓了，他不能等找到盖聂了。此时刚巧秦舞阳死里逃生回到燕城，太子丹决定派秦舞阳协助荆轲刺杀嬴政，秦舞阳感到吃惊，但还是答应了太子丹。
荆轲找到樊于期，向他告别，说自己要去很远的地方，也许不会再回来了，希望樊于期会有机会实现自己的理想。樊于期猛然醒悟到，荆轲要去刺杀秦王了。樊于期也觉得也许这是唯一的机会，为了增加成功的把握，他提出帮荆轲进行刺杀的模拟演戏。
樊于期装作秦王，太子丹装作秦国大臣，荆轲和秦舞阳以求和使者身分四个人在僻静的地方进行着刺秦演习。荆轲以督亢十五座城的地图为献礼，经过几次反复的演练，终于在荆轲到达嬴政身边的前提下，有了刺杀秦王成功的可能性发生。但樊于期最后说，这一切都是不可能的，因为嬴政多疑，根本不会让荆轲到达他的身边，要靠近秦王还有一个办法，就是再把樊于期自己的头颅献给秦王。荆轲、太子丹坚决反对，决定宁肯放弃刺秦，也不会杀了樊于期。
秦军即将完成对燕军大营的合围，太子丹决心与秦军玉石俱焚，樊于期认为太子丹应该放弃自己的英雄名声，投降以保证燕国人性命，否则就不是战争，而是屠杀。太子丹感到绝望。
樊于期来到荆轲所住的驿站，两人相约到外面练剑，又痛快地喝酒，谈论起小时候，谈论这些年的经历和对黑暗年代的无奈，谈论两人的友谊，但是荆轲拒绝再谈刺杀嬴政。樊于期对荆轲说，这个世界本来可以很美好的，希望荆轲能完成两个人共同的理想，而自己将做出最后的贡献。说完之后，樊于期拔剑自刎，人头落地。荆轲带着樊于期的人头来到燕王宫，太子丹和燕国军队哀悼樊于期。
高渐离准备带着蒜头离开燕国，忘记过去。在街上，忽然听说燕国拜荆轲为上卿，将带着樊于期的人头向秦国求和，他领悟到荆轲的使命原来是要刺杀嬴政。高渐离找到荆轲，原谅了荆轲杀喜鹊。
芄兰公主找到荆轲，与他依依惜别。她告诉荆轲，自己唯一的爱情和唯一的生存理由就是荆轲，只要听到荆轲刺秦的结果，她将与荆轲共生死。
易水河边，万物萧杀。太子丹、高渐离来为荆轲、秦舞阳送行。高渐离弹起自己专为荆轲所作的《易水送别》，太子丹把装着樊于期人头和督亢十五城图纸的两个盒子交给荆轲、秦舞阳，然后带领燕军跪送二人上了木舟。“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”，高渐离摔碎了自己的筑琴，目送荆轲、秦舞阳向着秦国方向一往无前……
