王皇后和萧淑妃的死使长孙无忌受到了极大的震惊。他惴惴不安地问高宗何必要对两位旧妃如此残酷时，武皇后意味深长地让长孙无忌想想当初太宗朝时，他诬告吴王恪时如何不事先想到残酷二字。
长孙无忌无言以对。回到家中，这位位极人臣的顾命大臣开始安排后事了。高宗煞费苦心营建了多年的慈恩寺落成了，高宗亲自题写了碑文。武皇后抓住了这个机会，为高宗在安福门楼安排了一次观看名僧玄奘迎碑文的仪式。这是自魏晋以来从未有过的超大规模的佛事活动。武皇后一直陪伴在高宗左右。在国人心目中，帝后二人和谐如一人，已经是密不可分的了。
一系列引人注目的庙堂活动结束之后，仍然有人在武皇后的出身经历等枝节事情上说三道四。高宗果断下诏，将从前朝流传至当时的《氏族志》改为《姓氏录》，将从魏晋开始的四大姓氏(王谢卢崔)置于李武两姓之后，以李氏皇族和武氏后族为姓氏的第一等。这样从姓氏上就将武氏放到了由贵而尊，由尊而至高无上的位置上。
武皇后总是在非常关键的时候替朝臣说话。一将军错砍了皇陵前的树，被抓了起来。高宗大怒，要立斩不饶。狄仁杰为罪将脱罪，高宗震怒不允。武皇后闻知此事，先等高宗消了气，然后委婉地问将军，为何砍皇陵之树，将军据实作答，父亲病故，他想为为父亲做个上等的棺材，没想到竟砍了皇陵前的树。武皇后回到后宫立即力劝高宗，罪将砍树是为行孝，高宗惩罪亦为行孝，但对罪将来说，他要葬父是行大孝，而高宗惩罪却算不得大孝，高宗要行的大孝，是视天下为己任，视生民为己出，若饶一罪将而得天下人之心，则天下莫不归心，江山莫不稳定，江山如磐，则先人亦会安乐于地下，这才是大孝中的大孝。高宗被说服，饶了这位将军。事情传开，举国上下莫不大赞高宗之德。满朝文武对武皇后纷纷另眼看待，狄仁杰更是将武皇后视为自己政治上的最佳搭档。
高宗发现武皇后对朝政一应事宜十分在行，处理政务井井有条，毫不手软。他开始放手让武皇后协理朝政。武皇后与丈夫紧密配合，以精明强悍的姿态出现在朝堂之上。
对内，帝后二人巡视国内，减赋轻徭，受到了万民的拥戴。
武皇后面临的矛盾，归根到底是新君与旧臣之间的矛盾，就是所谓皇权与相权的矛盾。武皇后继续起用新臣，孤立、削弱旧臣的势力，紧紧抓住了这一矛盾，消除了自己政治上的对手，也帮助唐高宗摆脱了顾命大臣的控制。至此，高宗身边已是君侧已清，人称“政归中宫”，武皇后开始施展她的抱负了。
对外，派苏定方等平定了突厥进犯;重设了安西四镇;派刘伯英出伐百济;派薛仁贵等出兵天山，大胜而归。几年过去，大唐气象繁荣，疆域扩大，国土东至高丽，西尽波斯，南至林邑，壮阔恢宏，各族融合，四海升平，民富国强。就在这个时候，高宗忽然患了严重的风眩病，病发之时不能理政，他将一部分朝政大事交给了武皇后，凡朝臣举事不决的事宜，任凭武皇后处置。
武皇后理政的第一件事，就是奏请高宗，禁止天下妇女为俳优之戏(在唐代指演滑稽戏的艺人)，高宗立即采纳了她的建议并下诏颁行。随着这一诏令的颁行，妇女的社会地位明显提高了。
满朝文武以及天下舆论对武皇后的称赞使高宗多少感到了一些失落，他借高丽犯边之际，欲亲率大军进行攻伐，以这一极端的方式，排解自己心里的郁闷。武皇后审时度势，力劝高宗止兵，以利休养国内生息。在武皇后的劝说下，高宗从谏，收回了成命。
